根据传统的说法，南亚印度这块地方接受福音的时代非常久远，甚至可以追溯到宗徒时代，据说是圣多默宗徒亲自把基督的福音传到印度的。当然，这只不过是传统这麽说而已。不过，印度半岛这个地方，至少印度南部地区，早在第五世纪便有基督信徒存在，这倒是事实。这些基督信徒说的是古叙利亚语，和美索不达米亚的"聂斯多略"教会，也就是中国人历史上所称呼的景教，有着关系。
十六世纪上半叶，葡萄牙人航行到印度西部海岸，於一五一Ｏ年占领了果阿。葡萄牙人登陆後，发现这个地区竟然有基督信徒，於是设法把这些信徒归入罗马拉丁礼节的教会管辖系统，不料却遭到抵抗，引发冲突，酿成了分裂。
一五叁叁年，果阿建立教区，统辖印度和东方其他地区的教务。这个教区之大真是空前绝後，西起非洲南端的好望角，东至日本。葡萄牙人为了在这块偌大的地区传播福音，所采取的方式与他们和西班牙人在拉丁美洲所用的方式相同，逢到庙宇偶像便摧毁，他们以为把过去的一切夷为平地，彻底铲除，是传教最方便、也最快的途径。其实这种作风只能招来仇恨，不足以说服人心。再说，东方许多民族都已有非常悠久的历史文化，绝非未开化或文明程度低微的野蛮民族所可以比拟的。
一五叁叁年，果阿一位神父在印度东南沿海采珍珠的鱼村给好几千人付洗。这件类似奇迹的事传到葡萄牙国王後，国王大为惊喜，决定派遣传教士去培育这些印度教友的信仰生活。葡萄牙国王和刚建立不久的耶稣会总会长依纳爵．罗耀拉谈论这件事，依纳爵深知自己修会人手极有限，可是仍然同意派遣自己最心爱的会士方济各．沙勿略（FRANCESCO SAVERIO）前往。
方济各．沙勿略於一五Ｏ六年生於西班牙北部纳瓦拉（NAVARRA）省一个望族家庭，从小便倾心於功名利禄，年青时便到巴黎求学，和一位比他年长十五岁的同乡依纳爵．罗耀拉共同租了房子住。这位同乡追求的是天主的光荣，他常给小老弟沙勿略说：「人即使赚得全世界，可是如果丧失了自己的灵魂，这为他有什麽益处？」。
经过依纳爵长久的薰陶，沙勿略的思想也逐渐改变了，便加入了追随依纳爵的一夥人。他们共七人，於一五叁四年八月十五日在巴黎附近的蒙特马尔（MONTMARTRE）共同誓发神贫和贞洁的誓愿。
一五四二年，方济各．沙勿略抵达葡萄牙在印度的中心地果阿（GOA）。刚到不久，沙勿略连学习地方语言、文化、风俗习惯的时间都没有，便在印度德干半岛东南沿海的渔村给成千上万的人付洗。
一五四五年一月，方济各．沙勿略写了这样一封信说：「在一个月之内，我付洗的人超过一万。我的方法是：当我来到那些要皈依基督的外教人的村庄时，我把所有的男人和小孩子都聚集在同一个地方，以宣呼天主圣父、圣子和圣神的圣名为开始，并让他们作叁次十字圣号，呼求天主圣叁之名，承认只有一位天主。接着，我们诵念悔罪经，信经、天主十诫、天主经、圣母经和赞颂圣母经。在两年之内，我把这些祈祷经文都译成他们的语言，我自己也会背诵。慢慢地，大人小孩都会重覆诵念这些经文。祈祷完毕，我给他们解释信经各信条和天主十诫的意义。然後，我要他们公开为自己过去的生活请求天主宽恕。讲道结束，我问他们是否真正相信信经各信条的内容，众人异口同声回答相信；於是，我高声诵念每个信条，每念完一个信条，我便问他们是否相信；他们则双手交叉作十字状，放在胸前，齐声回答相信。就这样，我便给他们付洗，并用笔写交给他们每个人一个圣名。男人领洗後，回到家里，又叫他们的妻子和家人到我这里来。我用同样的方式给她们付洗。当大家都领了洗，我便吩咐他们把庙宇和偶像全都摧毁。」
从这封信，我们看到方济各．沙勿略在印度南部沿海地区传教毫无困难，简单又迅速，他似乎不在乎对印度居民的文化要有预先的认识与了解，才着手传播福音。或许这也因为他所到之处和所接触的印度居民文化比较低，生活比较单纯的原故，没有人会向他所宣讲的道理提出质疑。
抵达印度七年之後，方济各．沙勿略在一位日本朋友的引介之下，携同两位耶稣会士经麻六甲海峡，辗转抵达日本南部九州的鹿儿岛。这里是沙勿略的日本向导朋友的家乡，时为一五四九年八月十五日，他是第一位踏上日本国土的传教士，值得纪念。
方济各．沙勿略登陆日本後，，马上发现日本的情况和印度的大异其趣，日本人的生活习惯，思想文化原来比印度的复杂多了。他意识到不能把在印度使用的传教方法搬到日本，在这里首先必须学习日本语言，认识日本文化，哲学思想，并采用日本人的风俗习惯，而且要花费很长的时间才足以使一个人皈依基督。方济各．沙勿略从日本写回欧洲的信立刻被公布出来，吸引了无数人的兴趣，也产生极大的共鸣。一时，他被推崇为现代的传教士。
十六世纪中叶的日本是个极端封闭的社会，所以当时的日本人对西方的新奇事物和信仰非常倾慕。加以当时的日本处在封建诸侯割据，各自为政的分裂局面，不少诸侯为了表示自己不受皇帝中央的指挥管辖，往往以选择信仰天主教来显示自己的独立自主。因此，此後几十年间，日本皈依天主教的人数直线上升，九州和京都与东京一带奉教的人最多，总共达叁十万。当时的罗马宗座视察员，意大利耶稣会士范礼安神父（VALIGNANO），是日本初期教会传教工作计划的最主要负责人。
可惜，好景不常，来自欧洲的水手，水兵和传教士之间的意见不合，目的不同，又加上十六世纪末叶日本德川幕府诸将军极欲统一日本，对不服从中央的诸侯大加讨伐，那些倾向或选择天主教的诸侯和他们的臣民更是幕府将军征讨的对象，何况天主教在日本的发展已经引起佛教和神道教的不满与反对。
就这样，日本天主教的教难成了预料中的事。一五九七年二十六位传教士和教友在长崎致命；其他的迫害事件，或大或小也接踵而来，传教士和教友受到的酷刑虐待令人发指。一六一四年德川幕府第一代将军家康颁布谕令，全国严禁天主教，驱逐所有传教士，拆毁一切圣堂。日本教友则被逼迫叛教，不顺从的都被处以残酷的极刑。
到此，日本教友几乎完全处在没有牧人的状态之下。但是教难并没有因此终止。十七世纪卅年代家光执政时，教难更加彻底；一六叁七年，教友人数很多的有马（ARIMA）一带，居民因为国君的横征暴敛，苦不堪言，而群起反抗，结果遭军队追击，逃至岛原（SHIMABARA）。在这里，凡不背教者都遭屠杀，计有男女和儿童叁万五千人。从此，日本与外界完全隔绝，处在封闭中达两百年之久。这期间，虽然没有神父，但长崎一带仍有一个教友核心团体残存下来，他们保持信德，世代相传。
方济各．沙勿略一五四九年抵达日本，两年後，一五五一年离开，前往中国。这时日本有教友一千。此後两百五十年间，日本天主教历经沧桑，非笔墨所能形容。十九世纪日本情势改变，昔日沙勿略所播下的福音信仰种子，经过成千上万传教士和本地教友用鲜血来灌溉，终於在雨过天晴後，重新萌发新芽，展现生机。