欧洲的哲学思想发展到十七世纪上半叶时，起了新的变化，这个变化是理性主义的崛起。为理性哲学铺路的可以说是当时法国大思想界迪卡尔（RENE DESCARTES ,1596-1650）。这位理想主义的始祖发明了一种"方法论"，主张面对一切问题先大胆怀疑，然後小心求证。任何事物，除非本身已经完全明晰，否则绝不予以肯定。
迪卡尔本身是一位非常虔诚的天主教徒，他的成名之作"方法论"原来也是为了反驳怀疑派的态度，并用以证明天主的存在而写的。他怎会料到他的哲学思想在身後竟引起另一种完全相反的作用。十八世纪那些以放弃传统宗教信仰与生活为自由表现的自由主义者，奉理智为是非正邪的判断标准，凡是理智无法了解的，都是荒谬的事。於是，宗教信仰中，只有理智能够接受的才足以相信，那些必须经由信德来接纳的启示真理，为他们来说全是无稽之谈。所以，这些唯理主义者的宗教是不必信仰，不需信德的宗教，就像数学一样，都是自明的道理。这样的宗教只是生活中的点缀品而已，不能提升人进入超性的境界，更无法拯救人类脱离现世的困苦，因为理想主义者固然也相信天主的存在，但这位天主是人自己选择出来的天主，是合乎人的观念和逻辑的天主，这样的天主无法，也不会使人超越自己的现世处境。
话虽然这麽说，可是理想主义者所鼓吹的理性至上的思想倒是很受知识份子喜爱和推崇的。有哪个哲学家不以理性为出发点？但是十八世纪那个时代的人把理性奉为最高的真理，而且是其他任何真理的来源。那麽天主教会和福音中许多教导和训诲都不是凭人的理智推论所能解释的，於是，教会里面那些使教会之所以成为天国临在於现世的最基本教义，也就是教会之所以为天主的子民团体、之所以为基督的奥体的道理，都在理想主义者所唾弃之列。面对这样的思想潮流，教会能够作什麽呢？在那个时代除了用传统的自卫方法，查禁反教会的书籍，写护教的书，或者请求政府机关干预之外，大概什麽也不能作，因为双方在最关键的问题上势不两立，没有接触点，无法沟通。教会建立在天主的启示上，理想主义以为启示是无稽之谈。於是阳光道和独木桥，各走各的路，但因为理想主义者受到当权者的保护，例如弗尔泰和他的一夥人成为普鲁士国王腓德烈二世的座上客，这些君王权贵都鼓励和支持那些思想家、文学家着书立说，打击教会，尤其是和罗马教宗作对。
面对四面楚歌，教会似乎只有坐以待毙一途之际，内部也产生了一些改革的风声和行动。在德国，正当弗尔泰一辈的人士如日中天，在德国全境发动画时代的启蒙运动（AUFKLARUNG）的时候，那里的天主教也发起另一个启蒙运动，鼓励教友追本溯源，回到信仰的根源，净化信仰生活，革新神学，对誓反教徒采取比较宽容和接近的态度，他们甚至编撰天主教和基督教通用的要理书本，也印刷了两个教会共用的圣经通讯，开了基督信徒大公合一运动的先河。在意大利也有一位名叫穆拉托里（MURATORI ,1672-1750）的神父，他建立了一套新的编写历史的方法，也鼓励人信奉理性的宗教。
这些天主教会内部倡导革新的人士虽然是为争取教会的生存，避免外在压力的窒息，但他们并不见得拥护罗马，甚至还和那些与罗马作对的党派合作，为的是要提升地方教会和地方神职人员的身份地位，不让教宗过问地方教会的事。一位名叫冯．洪太因（VON HONTHEIM ,1701-1790）的德国特里尔（TRIER）教区的助理主教，在一七六叁年出版了一篇论文，引用康士坦士大公会议和法兰西主义的论调，声言教会的最高权力不属於教宗，而属於主教团。这个论调很叫许多人喜欢，也激起了反罗马的情绪，奥地利皇帝约瑟夫二世很喜欢这种思想，把国内教会的事管得巨细无遗，他禁止国内主教向教宗请示，没有政府许可也不可以发表教宗的法令。他任意画分教区和堂区，关闭了许多隐修院，认为这种隐修生活无所事事，毫无用处，教区的修院也被封锁，只设一所中央修道院。就连神父应该作几台弥撒，唱什麽圣歌，敲什麽钟，如何埋葬死人，点什麽蜡烛，他无不规定，真是一位琐碎的皇帝。
这些受到启蒙运动唯理主义影响的王公显贵和某些地方教会人士既然把罗马教宗逼得几乎走投无路，当然也要对发愿绝对服从教宗的耶稣会士下手开刀。
一七七Ｏ年代，耶稣会士已有两万叁千名，有会院八百座，公学七百所，传教中心叁百个。他们听王侯的告解，作王室和权贵子弟的老师，处处保护教宗的权威，以各种方式和反教会的人士抗争。在那时代，耶稣会无疑是教会的一支义勇军，本身也是一股巨大的力量，他们为那些敌视罗马的人无异是一支眼中钉，非早日去除不为快。为达到这个目的，那些法兰西主义者、扬森派异端者、以及政界显要们竟然捐弃前嫌，彼此狼狈为奸，组成联合阵线，开始围剿耶稣会。一些打着启蒙运动旗子的唯理派哲学家以为：打击耶稣会就是打击天主教本身。
打击耶稣会的行动由葡萄牙国王约瑟夫一世开端，他在奸臣朋巴尔（POMBAL）的唆使下，取消耶稣会士在王宫听告解和讲道的职务，并借口蓄意谋杀国王，在一夜之间逮尽葡萄牙全国的耶稣会士，坐监的坐监，杀的杀，有八十位会士被处以极刑，其他的被投入船舱内，像牲畜一样被运到教宗国的海岸，把他们抛在那里。在法国，路易十五世国王也在法兰西主义派和扬森派权贵的压力下被迫签字，取消耶稣会。至於西班牙，耶稣会在那里本来最为顺畅，但因为宫廷中某些人物敌视罗马圣座，於是在卡洛叁世国王面前诬告耶稣会士阴谋不轨，国王遂在一七七六年签署法令，把西班牙本土和殖民地中的耶稣会士全部驱逐出境，并把他们装运到教宗领土的海岸卸下。在这同一年，意大利北部的帕尔马大公国和南部的拿坡里王国也对耶稣会采取同样的措施。
在十年之间，耶稣会几乎被欧洲各国取缔殆尽。但这些国家知道耶稣会既然是罗马圣座批准成立的，只有圣座有权解散它，於是把目标转向教宗。一七六九年一月，法国、西班牙及拿坡里驻圣座大使联合照会教宗克莱孟十叁世，请求全面解散耶稣会，而且派大兵压境，软硬兼施。但克莱孟十叁世不为威胁所动，可是他内心极为痛苦，一个月後竟溘然长逝。
在教宗出缺期间，那几个国家又运用手腕，阴谋策动选举一位合乎他们口味的教宗。经过叁个月波折终於选出一位方济各会士，取名号克莱孟十四世。这位教宗虽然心地善良又热心，但缺乏刚毅之力，在强敌压境之下，终於屈服强权的威胁，於一七七叁年发表一道名叫"主及救赎主"（DOMINUS AC REDEMPTOR）诏书，明令解散已有两百四十年历史的耶稣会，并囚禁耶稣会总会长，这位总会长终於死於狱中。而克莱孟十四世也在解散耶稣会一年後抑郁而终。
那真是启蒙运动打着唯理主义的旗子在反对理性的专治时代！
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