法国在一七八九年五月揭开大革命序幕之後，旧时的权贵成了革命打击和消灭的对象，天主教会因为一方面拥有无数的产业，另一方面许多主教也由权贵来充当，或者一位普通神职人员一旦当了主教，很自然地便成了社会的显贵，因此，天主教会也和旧时的权贵一样，成为革命运动的眼中钉，不断地遭受约束、控制、剥夺、压迫和屠杀。

由於革命演变成暴民运动，欧洲各国王室唯恐法国革命浪潮波及他们的王土，危害他们的王权，掀起社会的暴动，於是联合出兵攻入法国。不料法国革命军也发动反击，占领了比利时、荷兰、瑞士和意大利北部，以及意大利中部的教宗国，建立许多卫星国家，逼迫当时教宗庇护六世签订托伦蒂诺（TOLENTINO）条约，要求赔偿巨款，割让土地，让出许多艺术珍品。

次年，一七九七年，一名法国将官在罗马的暴动中遇害，法国终於找到借口，把年迈的教宗庇护六世押往巴黎。这位教宗不堪精神打击和旅途劳累，於一七九九年八月底死在法国东南部瓦朗斯（VALENCE）途中。消息传来，枢机主教们便聚集在威尼斯，并於一八ＯＯ年叁月十四日选出基亚拉蒙蒂 （CHIARAMONTI） 枢机主教为教宗，取名号庇护七世。这时，拿破仑已在法国发动政变，推翻"五人执政团"（DIRETTORIO）掌握政权四个月。

庇护七世教宗在担任意大利伊莫拉教区的主教时，曾经说"民主政治的执政方式不会与福音抵触。拿破仑当了法国"第一执政官"（PRIMO CONSOLE）後，也深深感到"法国人民如果不在宗教上修和，这个国家是无法统治的。不过我们不能以为拿破仑的看法是出於宗教信仰的观点，而是纯粹基於政治上的投机考量。他执政後不久，便与罗马圣座代表孔萨尔维国务卿枢机主教展开极为艰钜的谈判，并於一八Ｏ一年七月十五日签订和平协定（CONCORDATO）。在谈判之初，拿破仑向国务会议说：「我的政治在於按照大多数人的意愿统治人民。我相信这是承认人民的意愿的方式。我在结束旺代（VENDEE）战争时，我就作天主教徒；我住扎在埃及时，我就当伊斯兰教徒；在我赢得意大利民心时，我就作拥护教宗的人。要是我必须统治犹太人时，我必给他们重建撒罗满王的圣殿」。他又说：「在宗教里面我看不出有什麽降生为人的奥迹。神父比康德和德国那些梦想家更有用。一个国家没有宗教，如何会有秩序？当一个穷人看到一个富人时，如果没有一个权威告诉他："天主愿意如此，世界必须要有穷人与富人同时存在，但在来世就不如此画分"，你说这个穷人怎能接受贫富悬殊的现象？」。

上面举出来的话，使人看清拿破仑执政的态度。他和罗马圣座签署协定後，法国教会内部结构重整，每位主教都必须先辞职，然後重新任命发配，神职人员的生活重新由政府负责，修会会士没有被列入政府支付的对象中。总之，拿破仑和圣座所签的协定保存了法国宪法中与天主教有关的条文规定，以及叁百年前，即一五一六年法国国王佛兰切斯科一世和教宗良十世在意大利波洛尼亚（BOLOGNA）所签署的协定的主要内容。於是，身为第一执政官的拿破仑，就像法国过去的君王一样，可以为本国指派主教，这些主教则由罗马教宗承认，并授以神权。

就这样，因着协定的签署，法国政府又与罗马圣座恢复关系，重新奠定了宗教上的和平。奇怪的是：当拿破仑把他与圣座签署的协定提交国会表决时，他竟然擅自增列了七十七条有关法国教会的组织条款，里面充满"法兰西主义"和"若瑟主义"那种国家统辖教会的自大狂。教宗提出抗议，但是拿破仑不予以理会。

根据协定，法国全境教区的数目由一百叁十叁个减至六十个，其中有十个是总主教区。那些先前由国家指派的"宪法教会"的主教都必须辞职，不能提出任何反对的理由。至於旧时代不是受政府控制的主教们中，则有叁十位左右拒绝辞职，其中还有少数几位推动教友进行反抗。也因为如此，他们自己形成了一个所谓的"小教会"（PETITE EGLISE） ，这个小教会团体分布在法国西部和东部的里昂一带，至今仍然存在。

在任命主教这件事上，拿破仑采取了一个折衷的办法，以便利於国内教会的修和。他在那些革命之前就担任主教的人中拣选十六位出任协定新画分的教区主教；又从革命後由政府任命的"宪法主教"中推选十二位出任新职，其馀的教区主教则由神父中选任。拿破仑的长辈亲戚约瑟夫．费谢（JOSEPH FESCH）也当上了里昂的总主教，後来又升为枢机主教。至於在法国所并吞的地区或所建立的卫星国家中，拿破仑也比照法国本土的方式来重整当地教会的组织结构。

在拿破仑的新政统治之下，旧有的修会生活体制和产业完全没有被列在考虑的 围，各修会会院的产业都被政府没收。当时的德国人批评这种措施和新局势是个俗化的现象（SECOLARIZZAZIONE）。

虽然如此，拿破仑的权威和声望仍然蒸蒸日上，当他争取到教宗庇护七世同意前往巴黎，为他举行称帝加冕礼时，他在法国天主教中的声望更达於巅峰。当教宗抵达法国境内时，固然无处不受到凯旋式的欢迎，但法国教会领导人士们对拿破仑的歌功颂德更是无以复加；他们称拿破仑为上主所傅油的人，为新达味，为昔日的波斯皇帝居鲁士，为罗马帝国的君士坦丁大帝，为神圣罗马帝国皇帝大卡洛等等，真是不一而足。在一八Ｏ六年所编的"帝国要理"中，更把国民效忠皇帝的义务推崇到极致。

不料，拿破仑这种政教权威和人间光荣的时日并没能维持长久。在他称帝後不到两年，便与罗马教宗又起了冲突，这种紧张局势持续到他下台为止。原因在於拿破仑控制了大部分西欧地区後，进一步企图控制英国。他把整个欧洲大陆封锁起来，不准和英国的船只通商往来，英国的盟邦也在禁止之列。拿破仑要求教宗国也遵守他的禁令，教宗不以为然。拿破仑的弟弟热罗姆（JEROME BONAPARTE）离婚，另结新欢，他要求教宗宣告热罗姆的第一次婚姻无效，教宗认为理由不合教义，予以拒绝。拿破仑无法忍受，一八Ｏ八年二月出兵占领罗马。次年，一八Ｏ九年五月，又把教宗国并入法国版图。教宗於是把侵略者开除教籍。法国各地的警卫虽然深严，可是教宗的开除令竟然能在法国各地散发流传。教宗对拿破仑任命的主教也拒绝给以承认，不授予神权。拿破仑狂怒，拘捕了教宗庇护七世，把他押到意大利西北部的萨沃纳城。教宗不屈不挠，叁年後又被押到法国的枫丹白露（FONTAINEBLEAU），在那里两年，七十岁的教宗不作外表的抵抗，但他的意志坚定无比。拿破仑废后，遗弃约瑟芬，另娶奥国公主，玛利亚．路易斯（MARIA LUIGIA）为后。他的离婚虽然获得巴黎教会当局的认可，可是当时居留在巴黎的罗马枢机主教们都拒绝参加婚礼。

被押在枫丹白露的教宗虽然最後与拿破仑又签署了所谓的"枫丹白露协定"，局部承认拿破仑任命的主教。但第二天教宗立刻反悔，宣称他在暴力下所签的协定无效。

这个时期，拿破仑的军事武功已到了强弩之末的地步，他在转战南北的战役中节节失利。於是在一八一四年一月决定释放庇护七世教宗。经过四个多月的长途跋涉，於五月二十四日凯旋式地回到罗马。这时候，拿破仑已经在他逼迫教宗另签新协定的枫丹白露宫内，签署了下台让位的诏书。一代皇帝从此一蹶不振，走向末路。