天主教以马太福音第十六章十六至十九节为根据，认为彼得为教会第一任教皇，这是十分牵强而且不成理由的。他们的根据是以耶稣曾对彼得说过这样的话：“……你是彼得，我要把我的教会建造在这盘石上，阴间的权柄不能胜过他。”耶稣在这里所说的，“我要把我的教会建造在这盘石上”的盘石是指彼得本身抑或是指彼得的信仰──你是基督，是永生神的儿子──我们暂且不谈原文的争论。但不论“这盘石”是指彼得本身，或是指彼得所承认的信仰，和教会中有教皇的位分都是毫不相干的。相反的，耶稣明明教训门徒说：“你们知道外邦人有君王为主治理他们，有一臣操权管束他们，只是你们中间不可这样，你们中间谁愿为大就必作你们的用人，谁愿为首就必作你们的仆人。正如人子来不是要受人的服事，乃是要服事人，并要舍命作多人的赎价。”（太二○：25-28）所以天主教有教皇的设立是与圣经的明文直接冲突的。

新教此种否认的方式来自马丁路德，当年马丁路德否认“体变”时曾这样说：当耶稣说“这”是我的体、“这”是我的血的时候并不是指着饼和酒说的，而是指着自己的身体说的。大凡后来的新教徒攻击天主教是都翻版这个文字游戏。
不过，这样的游戏只有那些不明圣经原文的人去玩，真正的新教神学家不会这样玩，打部分新教神学家承认伯多禄的首席权，但认为这个首席权仅给了伯多禄，否认一种首席权的传递。这就是上面那个问题玩的第二个游戏，就是说，研读圣经原文，马丁路德的论点是站不住脚的，然后又开始转向首席权不能承继上。
关于耶稣所说的应该以仆人的态度相侍奉并不与在一个团体里有管理互相矛盾，需要说明的是，新教徒很多并不明白权力的真正意义是服务、是侍奉。另外，耶稣说这段话的时候格外是针对门徒们中间起了争论谁大谁小时说的。
如果按照新教的理论，在新教里也不应该有牧师，因为有牧师就有管理。

天主教传说彼得在主后四十二年到六十七年这二十五年中在罗马作教皇，这是完全没有圣经或历史根据的，而且在这些年间彼得是否到过罗马也没有圣经的记载。保罗在主后五十六年左右写信给罗马教会，曾经向二十七位信徒问安，却没有提彼得的名向他问安，倘若当时彼得是在罗马，保罗是没有理由不问彼得的安；因为彼得在他的书信中称保罗为“亲爱的弟兄保罗”，保罗又曾在罗马写过六封书信给其它各地教会，六封书信没有一封提过彼得的名字。天主教竟认定彼得是第一任教皇，又擅自定了条例以为教皇必须有人承继。他们认为教会必须有看得见的元首，既然彼得是第一任教皇，就当有继承的人维持他的职位；可是他们不能在历史上找出第二任教皇的记载。既然世上没有第一位的教皇，当然没有继任的教皇了！所以罗马教记戴他们历代的教皇历史时，从彼得以后到罗马教成立之间，好些“教皇”都没有史实可记，况且使徒中最后离开世界的是使徒约翰，倘若教皇是应当有人继承的话，使徒约翰理当是最合适的人选了。可是年老的约翰在他的书信中没有半点吐露他是教皇，只称自己为长老，反而在他所写的启示录中，极力高举耶稣基督为万主之主，万王之王。

http://www.ccccn.org/Soft/movie/jilu/200512/75.html
这个网址是BBC出品的一套探索片，名字叫《圣经解码》，里面有一集就专门探索的彼得的问题，您下载看看。
BBC出品的记录片和探索片是大家公认的客观权威资料。