在《旧约》和《新约》内，平常用以指「灵魂」的字凡三：一是「nephesh」（依57:16作：「neshamah」），与此字相当的希腊字是「psyche」，拉丁字是「anima」；二是「ruah」，与此字相当的希腊字是「pneuma」，拉丁字是「spiritus」；三是「leb」与此字相当的希腊字是「kardia」拉丁字是「cor」或「animus」。这三字在这三种文字内的原意，甚为复杂，三字的意义，固然有许多相同之处，但习惯上应用起来，仍有许多不相同的地方，因而不能视为纯粹的同义字。今就《旧约》和《新约》对这三字所有相关的含义，简略概述如后。
一、在《旧约》中：
1. 最初此字之意，似乎是指咽喉、气管（依5:14;哈2:5），由此转借引伸，而有了气息、呼吸，以及凡使物体成为生物的事物；再加以引伸而有了生活力或生命因素的意义。由此可见，此字的本意最初并不是指一事物，而是指一种状态或过程，因而意义繁多，能指生命、生物、生气和生命的原因。
2. 此字指一切生活的受造物，如虫、鱼、鸟、兽（创1:24;2:7,19;9:15,16）；但不指植物，因为植物没有生气和血。血是生命的象征和寄托（肋17:11;申12:23）。此外，泛指人或指某人，与代名词连用，也指人本身（创12:5;27:4;出1:5;肋5:1-4;咏4:2）。
3. 此字指人的生活成分；不但指人的心灵和肉身，而且也指人的生活情绪和感觉，如说「灵魂」受到不洁之物的沾染（则4:14;原文作：「我的灵魂从来…」），感到舒畅、憔悴（户11:6;耶31:25;咏19:8;94:19），渴慕、追求（申4:29;咏42:2,3;63:2），饥饿、饱饫（耶31:14-25;哀1:19），憎嫌、爱好（创34:3;户21:5;约10:1;歌1:7）情愿、拒绝（创49:6;约7:15），虔诚、希望（咏25:1,2;33:20,21），欢乐、悲伤（咏35:9;42:6;86:4;约30:25）。
4. 此字指人的性命或生命（列上19:4），如「灵魂」全操在天主手中（约12:10;则18:4），收回「灵魂」，为「灵魂」担忧（苏9:24;则32:10），救得「灵魂」（创16:17,18），图谋「灵魂」，冒「灵魂」的危险（民5:18;咏56:7;57:7），铲除「灵魂」（创17:14），「灵魂」死亡（民16:30），都是指性命或生命而言，故译文多译作性命或生命。
5. 字有时亦指「心」，与「心」互用，凡「心」所能有的作为，都可归之于「灵魂」。如喜怒哀乐归之于「灵魂」（撒上1:15,16;约33:20;咏94:10），贪求企图亦归之于「灵魂」（歌3:1-4;咏78:18;84:3），因为在《旧约》内，以心指整个人和生命，以「心」为一切内在作为的中枢。
6. 但这所谓的「灵魂」，是直接由天主而来，是天主赋与人身的生命（创2:7;依57:16;耶38:16），所以，这为人生命的「灵魂」与天主脱离不了关系，也与它赋与的人身脱离不了关系。它是赖天主而生活（咏33:21,20;依38:19），向往渴慕天主（咏42:2,3），如大旱之望云霓（咏63:2），有天主在前就不胜欢愉（依61:10;咏35:9），没有天主在旁就不胜悲伤（哀3:17,18;咏62:2,6;77:2,3）。为此，它尽其所能爱慕、事奉、赞美天主（申4:29;6:5;10:12;咏146:1,2）。像这样的思想和观念，在《圣咏集》内较其他经典更为普遍。
这「灵魂」注入在人身内，使人成为有灵的生物，为人身生命的因素；有它存在人体内，人就是活的，有生活的表现（创2:7）。但希伯来人并不以人为肉身和灵魂的合体，至少最初是如此。他们以「肉身」、「灵魂」和「心」混指整个人，所以人死后，仍称之为「灵魂」（肋19:28;21:11;户6:6;9:6）。并不以「灵魂」为不死不灭的神体，以它是存在气息和血内（肋17:10-14;申12:23-27;咏9:13;72:14;参见创9:4-7;约6:18）。
凡是生物都有气息，而且这气息都是由天主而来，因为天主是生命之源（创1:2;咏104:29,30;训3:19-21）。人有的气息和肉体，究与其他生物所有的不同（创1:27,28;2:7;约12:10）。依《旧约》思想，在人身内，有所谓的「灵魂」（nephesh），有所谓的「神魂」（ruah）（创6:17;7:22;约34:14,15;训12:7），二者虽同为生气或气息，但意义究不完全相同，各有自己特殊的含义：「灵魂」可视为生命的要素，「神魂」却是生命的根源。「神魂」总不死；人死后「神魂复归上主」（训12:7）；但「灵魂」却能死，且能置之于死地（户23:10;民16:30;则13:19）。
希伯来人始终相信人死后仍然存在，谓人死是复归老家，「与自己的先人」相团聚（创25:8;35:29;民2:10;编下34:28），相信人死后降入阴府（创37:35;户16:30;依14:15;多3:10）。善人恶人死后同入阴府（户16:33;约24:19;咏49:11-15;依38:10,11），远离世人，不见光明（约7:7-10;10:21;33:22-30），再也没有甚么作为（依38:18;训9:10;咏6:6）。对于人死后，人的「灵魂」所有的状态，希伯来人没有一个清楚确切的观念（训3:18-21;约14:7-15）。随着启示的进展，对于人死后的事，在晚出的经典内，才有了较清楚的说明，知道人死后，肉身化为灰土，「灵魂」却依然存在，是不死不灭的。这一观念在较晚出的智慧篇内，尤为显着（智2:23;3:1-4;9:15;15:8-11）。人死后，「灵魂」不但不死不灭，而且依照人在世的功过，要受到赏罚（智2:22;5），为此，人不能以现世荣辱苦乐来衡量、预卜身后的荣辱苦乐，不应只注重有死有坏的肉驱，却要，而且另外要注重不死不坏的「灵魂」（智3;4）。由于得知「灵魂」的不死不灭和身后的赏罚，对于「肉身」复活的道理也有了显着的进展（智1:15;3:2-8;参见依26:19;达2:2;咏16:10;加下7:9-12），因为肉身与「灵魂」原是「相依为命」的（智8:19-20;参见创2:7）。
二、在《新约》内：
「灵魂」一字的含义和用法，大抵说来，与《旧约》无异，只不过在几点上，意义较为明确而已。《新约》用以来指「灵魂」的字是「psyche」。此字的原意，与希伯来文「nephesh」一字的原意，大抵相同。指生命（玛6:25），指性命（路6:9;若10:11），指气息或生气（宗20:10;默8:9;16:3），指生命的因素（路12:20;罗16:4;斐2:30），指生活的情绪（谷14:34;若12:27;宗14:2），指心意心灵（玛11:29;路2:35;弗6:6,7;斐1:27;哥3:23），指人，任何人或大众（宗2:41-43;罗2:9;伯前3:20），指自己本人（路14:26;若12:25;格后1:23）等。按希腊文此字虽有喉咙之意，但《新约》内从未以此字来指喉咙。
《新约》对于人生身后的事，有了更进一步的启示，虽然人对于身后尚不能说已彻底明瞭，但至少已不如《旧约》中人不得要领，明知人死后，肉身虽腐烂，化为灰土，但灵魂却仍然存在（玛10:28;27:50;路16:29-31;23:42,43），将依照生前的功过接受赏罚（玛16:25-27;25:31-46）。「灵魂」在末日要与肉身再相结合而复活，成了《新约》信仰的基本道理（格前15）。由此可见，《新约》亦如《旧约》，以「灵魂」指整个人而言，从不以「灵魂」能单独存在。「灵魂」始终是属于一人的，人一存在，就有他的「灵魂」和「肉身」；人一死，他的「灵魂」脱离「肉身」而存在，但仍是某人的「灵魂」，「肉身」终于要复活，与「灵魂」再结合；所以人虽死，而仍要复活，永远存在。这一点《新约》是说得再清楚没有了（玛18:7-9;25:46;若5:24-29;得5:23;格前15:12-19,52-58;希10:36-39;伯前1:3-9）。
《新约》不但对于人身后的生活，而且对于人现世的生活，也有了更进一步的启示。人在《新约》启示下，更清楚知道了人的肉身与灵魂在现世彼此间的关系。以往以为痛苦和羞耻的事，现在不但不以为痛苦或羞辱，反而以为是福乐和光荣（玛5:11;斐1:29;3:7-11;得后1:4,5）。人在世该怕的不是肉身的痛苦和死亡，而是灵魂的痛苦和死亡（玛10:28;雅5:19,20;默2:10;20:6,14;21:8）；该贪求的不是世界的福乐，而是灵魂的得救（谷8:36,37）；该耻的不是受凌辱，而是耻自己不知救灵魂（谷8:38;路9:26;12:8,9）。灵魂既如此可贵，人就应不怕牺牲自己的一切和性命来救自己（玛16:24-26）和别人的灵魂（格后12:15;罗9:3;迦4:19;得前2:8），其中的原因，就因为人是基督，活天主子，以自己性命（原文作「灵魂」）换来的（玛20:28;谷10:45），人由于基督，在圣神内已有了永生（格前15:45）。暂生如与永生相比，实有有限与无限之别，牺牲短暂的今生为获得永无穷尽的来生，又有甚么不值得（罗8:18;格后4:17）。
人因为在圣神内有了永生，所以人的生命在世就已富有神性（弗1:13,14;4:30;格后1:21,22;罗5:5）。《新约》为表示灵魂具有这种超性生活的状态，常称人的灵魂为「神」或「神魂」（pneuma格前2:10-16），尤以圣若望和圣保禄喜用这字来指称在圣神内生活的灵魂（若3:5,6;4:23,24;6:63;14:17;罗8:10,16;格前3:1;7:34;弗4:23）。为此，圣保禄将人分为三种：属肉的人（罗7:14;格前3:1-3），属灵的人（格前2:14）和属神的人（格前2:13,15;14:37）：属肉的人是指随从肉欲生活判断的人；属灵的人是指随从灵性生活判断的人；属神的人是指随从圣神生活判断的人（罗8:3-9）；属肉和属灵的人是属于地上的人，属神的人是属于天上的人（格前15:47-49）。血肉不能承受天主的国（格前15:50），属灵的人也不能明瞭天主的事（格前2:14;参见玛16:23;雅3:15），只有抑制情欲（迦5:24;罗6:6;8:12,13;伯前2:11），随从圣神引导，具有基督精神的属神的人（罗8:9,14,15;迦5:25;哥3:2-10），才是天主的子女，明瞭天上的事：生时与主同生同死（罗6:3-13），死后与主同在（格后5:1-10;斐8:23），期后主再来，使自己卑贱的身体，相似他光荣的身体，由死者中复活，进入永生，终于获得自身彻底的救赎（罗8:11,23;斐3:10,11,20,21;格前15:42-44）。天主是忠信的，只要人信赖天主，天主圣父必圣化保存他，使他在主耶稣基督再来临时，「神灵」、「灵魂」和「肉身」全无瑕疵，堪赴羔羊的婚筵（得前5:23,24;格前1:4-9;默19:9）。
由以上所述，得知在《圣经》内，不论是《旧约》或《新约》，「灵魂」一字的含义，甚为复杂，不能按字直译，尤以中文为然，只有依照上下文义，就其含义翻译，故在译文中多次不见「灵魂」一字。这一点，《圣经》译本读者不可不注意。
见人、心、肉身、血、生命、死亡、复活、恩宠。