北京匿名消息人士透露说，德国驻华大使馆对外国非政府组织“登记工作进展甚微很烦恼”。这大大阻碍了德中高校的合作。
95%以上的在华外国组织还没有得到许可证，因此属于非法范围。中国官方估测，这类组织有7000个，已经正式登记的组织才只有242个。没完成登记的组织受到限制，比如，不许招聘新员工。账户被冻结的情况也出现过。
但不光登记程序带来许多官僚主义问题，已经得到许可的组织如亲近德国各党派的基金会，其“工作能力也继续受到明显限制。”“有些关节一片混乱。”“在科研合作或学术交流等领域，双方进一步的合作目前明显受到影响。”
德国精英高校在和中方合作时，会遇到许多困难。这可能是因为它们在中国的身份不明确，或者它们难以通过受保护线路访问本校自己的服务器。双方合作“一点都不理想。”这应该不符合中国的利益，因为中国期望通过与德国的科研和学术合作促进本国的科技发展。
德国政府对合作困难早已知情。默克尔总理2016年6月访华前，曾专门预告，将和中方谈及外国非政府组织在华待遇问题。
中国自今年1月1日起实行登记法，以阻止外国非政府组织在中国进行不受欢迎的政治活动。该法加强了监控，并要求外国组织必须和一位受到许可的中方伙伴一起重新登记。
