陈日君接受香港苹果日报访问时说，他和现任主教汤汉枢机对建交前期协议“一个悲观、一个乐观”，虽然意见不同，但相信汤早前发文指有人向教宗“诅咒与谩骂”，并非针对他，“不要冤枉他（汤汉）”；他认为继续谈判前，北京要表示诚意，“至少要全部释放（内地）正在坐牢的神父教友，否则没啥可谈”。
陈日君在访问中指自己没有将矛头指向教宗，相信汤是回应内地的声音，“内地网站就真有人骂教宗”，对于与汤意见不同，陈认为“非常正常”，“汤枢机乐观一点，陈枢机悲观一点，可能汤枢机知道的事情多一点吧”。
陈对于建交后中国教会的情况感担忧，认为要求一直忠于梵蒂冈的地下教会成员加入官方教会不是解决方法，“这岂非统统由他们（内地政府）管？正式让政府‘办教’？这等于是投降。建了交又如何？到时就算教宗去到中国，听话的那些人才可以去见教宗，那么地下（教会）那些怎么办？”
中梵之间最大障碍一直是主教任命权，现时坊间讨论的越南模式，指由当地政府建议主教人选，由教廷决定是否接受，陈认为在中国并不可行，“由越南主教同教廷先行做了选择，再交给政府否决，我赞成，因为越南爱国教会不很成功，他们的主教真的是属于我们的人，他们是真的主教团，但中国主教团这样东西根本不存在，完全由政府管，怎么可以让他们选人呢？”
陈直斥现时所谓中国主教团是“裂教”主教团。根据《天主教法典》，所谓裂教，即不愿服从教宗或不愿与隶属教宗的教会成员共融。他说：“教廷知道有些人是被迫（加入主教团），才客气不叫他们是裂教。”
早前路透社调查报道指教宗方济各或借慈悲禧年，赦免8名自选自圣的非法主教，其中3人已被绝罚（逐出教会），教廷或让8人继续保留主教衔头，但不再执掌教区职务，陈日君认为安排可以接受，但相信北京会拒绝。
汤汉数日前发表《中国教会与普世教会的共融合一》文章，形容教廷与北京的协议是“人间对话的典范”，堪比天主与人类对话，并暗示梵蒂冈可能会为中国度身订做有中国特色的主教任命方式。本报翻阅最新一期《公教报》，全文刊登了汤汉的文章，但较早前陈的文章《从一个“沉痛的呼吁”讲起》则不见踪影。
苹果日报大股东黎智英本身也是天主教徒，过去曾经因为得到陈日君的推荐，获得教宗本笃十六世的私下接见。
