马云的动向，在目前中国商界新一波的“国进民退”争议下，特别惹人关注。
所谓的VIE模式（Variable Interest Entities，直译为“可变利益实体”），在大陆被称为“协议控制”，是指境外注册的上市实体与境内的业务营运实体相分离，境外的上市实体通过协议的方式控制境内的业务实体，业务实体就是上市实体的VIEs（可变利益实体）。
阿里巴巴目前是美国上市公司，但主要业务都在中国大陆。据了解，VIE结构一般用于使中国科技公司接受来自海外实体的投资。
报道指，阿里巴巴集团在回应中透露:“如我们在20-F年报中披露，阿里巴巴将VIE实体的股东由马云和谢世煌调整为通过有限责任公司（LLC）和有限责任合伙（LLP）的形式控制，这些实体由阿里巴巴合伙人或阿里巴巴管理层成员通过有限合伙实体间接持有。”
上述消息还称，马云将继续担任阿里巴巴永久合伙人。而阿里的回应也明确了这一点：“VIE实体结构的调整，不涉及阿里巴巴集团层面的股权调整，也不影响阿里巴巴合伙人机制，马云仍将担任阿里巴巴合伙人并继续在阿里巴巴合伙人机制中发挥重要影响力。”
2009年阿里巴巴启动合伙人制度，马云和蔡崇信作为永久合伙人，目前分别持有6.4%和2.3%的股权以及很高比例的投票权。因此，即便卸任董事会主席，马云对于阿里巴巴依旧有足够的控制权。
2009年，马云宣布阿里巴巴“十八罗汉”辞去创始人职位，阿里进入合伙人的时代。“首先，合伙人制度规定阿里合伙人享有董事会半数以上董事的提名权，且在被否决的情况下可以重新提名从而确保其能够控制多数新任董事候选人；其次，该制度赋予合伙人任命临时董事的权力，即一旦创始人和管理层与其他股东矛盾加剧，无论股东是否同意，合伙人提名的董事都将进入董事会以保证其超过半数的控制权”，证券分析人士称，合伙人通过控制董事会成员的方式间接控制着股东大会。
